Der Name Oberroth tauchte wohl erstmals um 780 als "Rota" auf und wurde 898 in einer kaiserlichen Urkunde erwähnt.
Noch zu Beginn des 12. Jahrhunderts war Oberroth den Herren von Roth untertan. Diese hatten ihren Sitz auf einer Hochburg östlich von Schalkshofen. Wolfhart von Roth war von 1288 bis 1302 Bischof in Augsburg. Aus alten Unterlagen geht hervor, daß er neben seinem hohen geistlichen Beruf auch durch umfangreiches geschäftliches Handeln sich einen Namen gemacht hat. 1291 schenkte er sein Erbe dem Augsburgerischen Hochstift. Dieses errichtete in Oberroth ein Unteramt. Verwaltet wurde der Besitz von Oberroth, Schalkshofen, Unterschönegg und von ca. 30 Anwesen aus Unterroth. Einer dieser Verwalter, der Vogt Michael Kirchenbauer, ist in der Kirche durch ein Relief dargestellt.
Die Herrschaft des Hochstiftes hielt bis zum Jahre 1803. Danach kamen die Besitztümer in das Eigentum der bayerischen Kurfürsten.
Im Mai 1723 brannte der Pfarrhof ab. Leider verbrannten dabei die meisten wichtigsten Dokumente. Der Neubau erfolgte 1725.
Im Zuge der Gemeindegebietsreform wurde der Weiler Unterschönegg in den Markt Babenhausen nach einem vorangegangenen Wählervotum eingemeindet.
Heute hat sich die Gemeinde Oberroth zu einer ländlichen Wohngemeinde entwickelt. Die ausgedehnten Wälder um Oberroth laden zu erholsamen Wanderungen ein.